El rector de la UNAM, Dr. José Narro Robles, nombró al Dr. Francisco G. Bolívar Zapata Coordinador de los miembros de la UNAM de la Comisión Bilateral UNAM-UAEM, el 3 de marzo de 2009.
El propósito de esta Comisión fue múltiple:

Dar seguimiento al convenio de colaboración académica, administrativa y de comodato, existente entre la Universidad Autónoma del Estado de Morelos (UAEM) y la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), firmado el 7 de septiembre de 1990.

Como resultado de este análisis, se elaboraron informes de actividades por cada universidad sobre los avances, logros y asuntos pendientes entre las dos instituciones conforme al convenio señalado. El documento elaborado por la UNAM indicaba claramente los muchos avances y logros obtenidos por ambas universidades a lo largo del convenio, entre los que destacan la creación de varias dependencias universitarias de la UAEM, como las facultades de Ciencias, Humanidades y otras, para lo cual la UAEM contó con el apoyo de la UNAM.
También se enfatizó en que el convenio había propiciado una colaboración más intensa entre las comunidades académicas y prueba de ello era el incremento en las publicaciones entre académicos de ambas instituciones, la impartición de cursos de licenciatura y posgrado, y la dirección de tesis de muchos alumnos de la UAEM por miembros de la UNAM.

El Dr. Fernando Bilbao, entonces rector de la UAEM, renunció el 17 de enero de 2012 a la rectoría de esta universidad. La Junta de Gobierno de la UAEM integró una terna a partir de la cual el Consejo Universitario designó al Dr. Alejandro Vera Jiménez como nuevo rector de esta casa de estudios, el 12 de marzo de 2012. El Dr. Vera claramente indicó en sus planteamientos a la Junta de Gobierno de la UAEM –de la cual el Dr. Francisco Bolívar era miembro en ese momento- su compromiso de renovar y fortalecer la colaboración académica entre la UNAM y la UAEM, de ser designado rector de la UAEM. La designación del Dr. Vera como rector de la UAEM, permitió que se recuperara una relación cordial y de colaboración entre las dos instituciones, estando dispuesto a la firma de un nuevo convenio de colaboración más avanzado para fortalecer la relación entre las dos instituciones.

En virtud de que el convenio de colaboración existente entre ambas universidades llegaba a su término el 7 de septiembre de 2015, y con base en la disposición del Dr. Alejandro Vera como nuevo rector de la UAEM, el rector de la UNAM Dr. José Narro solicitó al Dr. Francisco Bolívar elaborar, con el apoyo de los directores académicos de las dependencias de la UNAM en Cuernavaca y el apoyo de la administración central de la UNAM –en particular de la Oficina del Abogado General y la Coordinación del Campus Morelos- una propuesta de nuevo convenio de colaboración académica, administrativa y de comodato entre las dos universidades.

El borrador de ese convenio fue presentado al rector José Narro, sus colaboradores cercanos y a los directores académicos de la UNAM en Morelos, el 27 de junio de 2012. El rector, sus colaboradores y los directores de las dependencias de la UNAM en Morelos, hicieron varias recomendaciones que se incorporaron a la versión final del documento.

La versión del documento con estas correcciones que también incorporó el análisis y recomendaciones de la Oficina del Abogado General de la UNAM, fue entregado al rector José Narro por el Dr. Francisco Bolívar el 31 de agosto de 2012.

En septiembre de 2012, el Dr. Francisco Bolívar fue invitado por el entonces Presidente electo Lic. Enrique Peña Nieto, a colaborar en el equipo de transición para coordinar los esfuerzos en Ciencia, Tecnología e Innovación (CTI). En 2013, el Consejo Técnico de la Investigación Científica de la UNAM otorga una Comisión de trabajo al Dr. Francisco Bolívar, para colaborar como Coordinador de CTI en la Oficina de la Presidencia de la República, a invitación del Presidente Peña Nieto.

Firma del nuevo convenio de colaboración académica y comodato entre la UNAM y la UAEM el día 27 de junio de 2013. Con base en el documento entregado el 31 de agosto de 2012, el rector de la UNAM decidió presentar al rector de la UAEM la versión del nuevo documento de colaboración académica, administrativa y comodato entre las dos universidades. Este nuevo convenio fue firmado por los dos rectores en la UAEM el 27 de junio de 2013 y es un acuerdo moderno, con instrumentos más avanzados para propiciar la colaboración en diferentes sectores y áreas entre las dos universidades. La UNAM aporta varias decenas de millones de pesos a la UAEM para apoyar y fortalecer sus capacidades y desarrollo. El nuevo convenio garantiza la estabilidad de la presencia por largo tiempo (99 años) de la UNAM en los terrenos de la UAEM. Lo anterior permitirá la colaboración y la sinergia entre las dos instituciones, que a su vez permitirá la consolidación de la universidad pública en Morelos. Los doctores José Narro y Alejandro Vera incorporaron el nombre del Dr. Francisco Bolívar como uno de los testigos de honor, junto al del Gobernador del Estado de Morelos, el Lic. Graco Ramírez, que firmaron el nuevo convenio.